2000

A január végén megtartott XII. Kongresszus döntött a miniszterelnöki és a pártelnöki tisztség szétválasztásáról. A Fidesz elnökévé Kövér László volt alelnököt választották meg, aki május 1-jével megvált miniszteri posztjától. A Fidesz ügyvezető alelnökévé az elnökség újra Áder Jánost választotta meg.

Évközben a parlamenti frakció létszáma 141-re mérséklődött, Gyuga Pál, Hortobágyi Krisztina kilépése, illetve Buza Attila ócsai polgármester tragikus halála miatt. Ugyanakkor a Fidesz támogatásával lett parlamenti képviselő a fehérgyarmati időközi választásokon az FKgP színeiben induló Lengyel János. Az időközi önkormányzati választásokon a Fidesz jelöltje szerzett polgármesteri címet Esztergomban (Meggyes Tamás), s fideszes vagy a párt által támogatott független polgármesterjelölt nyert Dorogházán, Géberjénben Kemecsén, Sámsonházán és Tabajdon. Újraválasztották Balatonfüred (Pálfy Sándor) és Hódmezővásárhely (Rapcsák András) fideszes polgármesterét. Ezenkívül eredményesen szerepeltek a Fidesz jelöltjei többek között Karcagon, Keszthelyen, Sárváron, Balatonfüreden, valamint Hódmezővásárhelyen, ahol a decemberi választásokon 14 körzetből 13-at a Fidesz-MKDSZ jelöltjei nyertek meg.

A kormánynak a párt által jelölt miniszteri posztjain májusban Kövér Lászlót a titkosszolgálatokat felügyelő miniszter tisztségében Demeter Ervin követte, akinek államtitkári pozíciójába Simicskó István lépett. A közlekedési tárcánál Katona Kálmánt Nógrádi László (MKDSZ), majd Fónagy János követte. A szociális tárcánál Szilágyiné Szemkeő Judit (MKDSZ) lett a Miniszterelnöki Hivatal államtitkárává kinevezett Őry Csaba utódja, míg az Egészségügyi Minisztériumban Pusztai Erzsébetet a fideszes Horváth Zsolt váltotta.

Novemberben az Európai Néppárt (EPP) társult tagjává vették fel a Fideszt, amelynek ezzel egyidejűleg megszűnt a tagsága a Liberális Internacionáléban. Decemberben a Fidesz tagja lett az Európai Demokratikus Uniónak (EDU) is. Az év utolsó hónapjában a Fidesz volt a házigazdája a Közép-európai Polgári Pártok II. Konferenciájának. December 18-án letette a hivatali esküt az Orbán-kormány két új, a Fidesz által jelölt minisztere, akik 2001. január 1-jétől kezdték meg munkájukat az egészségügyi és a pénzügyi tárca élén. Mikola István az egészségügyi miniszteri székben Gógl Árpádot, míg Varga Mihály márciusban a Magyar Nemzeti Bank elnöki posztját elfoglaló Járai Zsigmondot váltotta fel a pénzügyminiszteri tisztségben. Varga utódja az államtitkári poszton Tállai András fideszes országgyűlési képviselő lett.

2001

A Fidesz - Magyar Polgári Párt május 5-6-án Szegeden megtartott XIII. Kongresszusán Pokorni Zoltánt választotta meg a párt elnökévé. Alelnökké választották Kövér Lászlót, Áder Jánost, Varga Mihályt, Szájer Józsefet, Deutsch Tamást, Németh Zsoltot, Kósa Lajost és Rogán Antalt, az elnökség póttagjává Sasvári Szilárdot és Illés Zoltánt. A kongresszuson első olvasatban tárgyalták meg A jövő elkezdődött című vitairatot. A szegedi tanácskozáson mondott beszédében Orbán Viktor miniszterelnök kiemelte: a Fidesznek jó esélye van arra, hogy megnyerje a 2002-es parlamenti választásokat, hiszen a polgári Magyarország jövőképével szemben nincs más értékteremtő jövőkép. A kormányfő felhívta a figyelmet a nemzet összefogásának fontosságára is. Júniusban megújultak a párt helyi és területi szervezeteinek vezetőségei, az Országos Választmány elnöke ismét Várhegyi Attila lett, s a testület hat alelnöke közül kettőt a partnerszervezetek jelöltek Rubovszky György (MKDSZ) és Dobó László (Fidelitas) személyében.

A kormány fideszes posztjain két kisebb módosítás történt: az egészségügyi államtitkári poszton Horváth Zsolt helyére Benyhe István került, míg a Miniszterelnöki Hivatal új államtitkára lett Mádi László s távozott Frajna Imre. A parlamenti frakció három képviselővel gyarapodott. A Pest megyei 14. számú választókerületben (Dabas) március-áprilisban megtartott időközi választást Szűcs Lajos nyerte meg, míg szeptemberben Kiszely Katalin és Molnár Róbert volt kisgazda képviselők csatlakoztak a frakcióhoz. Az időközi önkormányzati választásokon is több győzelmet arattak a Fidesz jelöltjei. Buza Attila özvegye, Icsó Zsuzsanna nyerte el a polgármesteri címet Ócsán. Ugyancsak fideszes vagy a párt által támogatott jelölt lett a település első embere Bükkszéken, Feldebrőn, Kéken, Pusztavacson, Tiszatenyőn és Magyaralmáson. A Fidesz jelöltje nyert képviselői mandátumot az ősszel Karcagon és Pécsett. A Fidesz partnerszervezete, az MKDSZ jelöltje lett Golop polgármestere, valamint két jelöltjük került be az újjáválasztott abaújszántói képviselőtestületbe.

A Fidesz - Magyar Polgári Párt májusban választási együttműködési megállapodást írt alá két partnerszervezetével, a Magyar Kereszténydemokrata Szövetséggel és a Fidelitasszal. Augusztus 31-én pedig a Fidesz és a Magyar Demokrata Fórum választási megállapodását írta alá Pokorni Zoltán, a Fidesz és Dávid Ibolya, az MDF elnöke.

November 10-én lemondott tisztségéről bírósági ügye miatt Várhegyi Attila, a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériumának politikai államtitkára. December 3-án Mádl Ferenc köztársasági elnök az országgyűlési választások első fordulóját április 7-ére tűzte ki.

2002

Nyilvánosságra hozzák a Jövő elkezdődött címet viselő vitairatot, melyet Pokorni Zoltán, a Fidesz, és Dávid Ibolya, az MDF elnöke mutat be a szélesebb nyilvánosság előtt. A szakmai részleteket tartalmazó kiadvány társadalmi vitáját követően, a párt, 2002. február 16-án Budapesten, az Összefogás Kongresszusán, a Fidesz hivatalos programjaként elfogadta.

A kampánycsend előtti napon, április 5-én a Közgazdaságtudományi és Államigazgatási Egyetemen ismét megrendezésre került a miniszterelnök-jelöltek-, ezúttal Medgyessy Péter és Orbán Viktor vitája.

Az országgyűlési választások első fordulója nem igazolta a közvélemény-kutatások jobbközép erők javára mért előnyét. Április 9-én Orbán Viktor a Testnevelési Egyetemen, majd 13-án a Kossuth téren közel egymillió választópolgár előtt elmondott beszédében a választás első fordulójára utalva felhívta a figyelmet: sokan voltunk, de nem voltunk elegen.

A választásokon végül a polgári összefogás 48,7%-os eredményt ért el, mely összesen 188 mandátumot eredményezett. Szocialista-szabaddemokrata koalíciós kormány alakult. A megállapodásnak megfelelően a Magyar Demokrata Fórum 24 fős önálló frakciót alakított, a Fidesz 164 tagú képviselőcsoportot hozhatott létre.

Május 7-én Orbán Viktor a Dísz téren bejelentette a Demokrácia Központ létrehozását és polgári körök megalakítását kérte az egybegyűltektől. Beszédét a hajrá Magyarország, hajrá magyarok jelszóval zárta. Nem sokkal később létrehozta a Szövetség a Nemzetért Polgári Kört.

Június közepén a Magyar Nemzet cikke nyomán kipattant Medgyessy-botrány az elmúlt rendszer titkosszolgálati működésére irányította a figyelmet. Pokorni Zoltán, a Fidesz elnöke éles hangon vonta kérdőre a parlamentben a miniszterelnököt, és a köztársaság morális válságáról beszélt. Pár nappal később, július 3-án, miután tudomást szerez édesapja ügynök múltjáról, azonnali hatállyal lemond pártelnöki és frakcióvezetői tisztségéről. A képviselőcsoport élére Áder Jánost választják, s ugyancsak ő irányítja ügyvezető elnökként a pártot a következő kongresszusig.

Október elején lemond országgyűlési mandátumáról Várhegyi Attila, miután jogerős ítéletben elmarasztalja a másodfokú bíróság.

Október 20-án tartották a helyhatósági választásokat. A jobbközép erők országos átlagban teret veszítettek. A 19 megyei közgyűlésből 16-ban kormánypárti többség alakult ki, a fővárosi közgyűlésben baloldali többség mellett, 21 tagú Fidesz-MDF-MKDSZ frakció alakult.

Mivel Sasvári Szilárd a Magyar Televízió Közalapítvány kuratóriumának elnökségi tagja lett, lemondott a Fidesz országos elnökségében betöltött póttagi tisztségéről.